Seit Jahren rätseln Forscher über den Ursprung von Phobos und seinem Zwilling Deimos. Einige vermuten, dass es sich bei den Monden um ehemalige Asteroiden handelt, die von der Schwerkraft des Mars angezogen wurden, da ihre chemische Zusammensetzung der einiger Gesteine ​​im Hauptasteroidengürtel zwischen Mars und Jupiter ähnelt. Allerdings konnten Computermodelle, die diesen Einfangprozess simulierten, die nahezu kreisförmigen Bahnen des Paares um den Mars nicht reproduzieren. Eine andere Hypothese besagt, dass ein riesiger Einschlag, ähnlich dem, der unseren Mond erschaffen hat, das Duo vom Roten Planeten geschleudert hat; Allerdings hat Phobos eine andere chemische Zusammensetzung als der Mars, was dieses Szenario unwahrscheinlich macht.