Durante años, los investigadores han estado desconcertados sobre los orígenes de Fobos y su gemelo Deimos. Algunos han sugerido que las lunas son antiguos asteroides atraídos por la gravedad de Marte porque su composición química es similar a la de algunas rocas en el cinturón de asteroides principal entre Marte y Júpiter. Sin embargo, los modelos informáticos que simularon este proceso de captura no pudieron reproducir las trayectorias casi circulares de la pareja alrededor de Marte. Otra hipótesis sugiere que un impacto gigante, similar al que creó nuestra Luna, expulsó al dúo del Planeta Rojo; sin embargo, Fobos tiene una composición química diferente a la de Marte, lo que hace que este escenario sea poco probable.